Operasyon lokal anestezi altında yapılmakta ve hastalar tarafından rahatlıkla tolare edilebilmektedir. Operasyon başlamadan önce saç ekiminin yapılacağı bölgeler işaretlenir. Bu çizimler yapılırken saç ekilecek bölgenin naturel saç çizgilerine uygun olması suni bir görünüm oluşturmaması bakımından çok önemlidir. Kafanın arkasında saçlı derinin alınacağı bölge hazırlanıp enjeksiyonlarla uyuşturulduktan sonra uzun elips şeklinde bir saçlı deri parçası çıkartılır. Bu şeridin uzunluğu ortalama 12-15 cm eni ise 3-4 cm dir. Saçlı deri alındıktan sonra bu bölge estetik bir dikiş yöntemi ile kapatılır. Oluşacak kesi izi saçların içinden kaldığından hiç bir zaman görünür olmayacaktı. Çıkartılan saçlı deri 2-3 kişilik bir ekip tarafından bistüri ile 1li, 2li, 3lü kıl kökü ihtiva eden küçük gruplara ayrılır. Bu işlem çok incelikli ve çabuk yapılması gereken bir işlemdir. Saçlar bölünürken kıl köklerine hasar vermemek gerekmektedir. Kıl köklerine hasar vermemek gerekmektedir. Kıl köklerinin kısa bir süre içinde bölünerek saçsı bölgeye nakledilmesi işlemin başarısı açısından önemli bir diğer faktördür. Bu nedenle saç ekimininde birkaç kişilik bir cerrahi ekiple çalışılmaktadır. Saçlar küçük gruplar halinde bölündükten sonra saçsız bölgeye ekme işlemine geçilir. Bu bölge lokal anestezilerle uyuşturulduktan sonra ince uçlu bir bistüri ile çok sayıda delik açılır. Hazırlanmış olan greftler (kıl kökleri) bu deliklerin içine tek tek yerleştirilir.

Daha naturel bir görünüm oluşturmak için ön kısımlara tek kıl kökü ihtiva eden greftler, daha gerideki bölgelere ise 2li ve 3lü kıl kökleri ihtiva eden greftler yerleştirilir. 

İşlem tamamlandıktan hemen sonra hasta evine dönebilir. 48 saat boyunca saç yıkanmaz. Bu süre sonunda ekim yapılan bölge ve diğer saçlı bölgeler özel bir solüsyonla yıkanır ve bu işlem hergün tekrar edilir.Saç ekim işlemi günlük aktiviteyi kısıtlamayan bir işlemdir. Saç ekim işleminde mevcut saçlar kesilmemektedir. Hasta ekim yapılan bölgeye temas etmeyecek bol bir şapka takarak işine dönebilmektedir. Uygulamadan 48 saat sonra alın ve göz üstlerinde şişlik ve morluklar oluşabilmekle birlikte bu durum birkaç gün içinde kaybolmaktadır. Nakledilen saçlar bir süre sonra dökülürler ve yeniden çıkmaya başlamaları 2,5 -3 ay gibi bir süre almaktadır.                               

Mini mikrogreft transplantasyonunda elde edilecek sonuçlar cerrahi faktörlere bağlı olduğu gibi hastanın mevcut saç durumu ile de çok ilgilidir. Ensenin üzerindeki bölgeden alınan kıl kökü sayısı  kişinin bu bölgedeki saçlarının sıklığına bağlı olarak 1500 ila 3500 arsında değişiklik gösterir. Bu saçlar bir ila üçlü gruplar halinde 1000-1500 grefte ayrılarak nakledilmektedir. Verici bölgedeki saçların sıklılığı önemli bir faktör olmakla birlikte daha önemli bir faktör kişinin ön kısımdaki açıklığının derecesidir. Açık alanı az olan kişilerde bu kıl kökleri daha sık yerleştirilebilmekte ve daha başarılı sonuçlar alınabilmektedir. Açık alanı fazla olanlarda 8 ay – 1 yıl gibi bir süre sonra tekrar saç ekimi yapılarak daha sık bir görünüm elde edilebilir.

Arka kısımlarda geniş açıklığı olan kişilerde uygulanabilen bir diğer yöntem ise arka kısımlardaki saçsız derinin bir kısmının elips yada mercedes şeklinde deri çıkartmaları ile küçültülmesidir (scalp reduction) bu işlem saç ekiminden birkaç ay önce yapılan bir operasyondur ve uygun hastalarda çok yararlı sonuçlar vermektedir.

Saçsız alanın açıklığı azaltıldığından yapılacak saç ekimlerinde daha sık ve başarılı sonuçlar elde edilebilmektedir. Saç ekiminden yaklaşık 3 ay sonra çıkmaya başlayan saçlar orjinal yerlerindeki büyüme hızıyla yani yarlerinde uzamaya başlarlar. Bu saçların genetik kodları ve özellikleri farklı olduğundan bunlarda dökülme meydana gelmemektedir. Ancak saç ekiminde nakledilebilecek kıl kökü sayısının sınırlı olması nedeniyle görüntüde saçsız alan kapatılmakla birlikte hiç bir zaman çok sık bir saç oluşmayacağı bilinmelidir. Saç ekimi tüm pratikliğine rağmen bir cerrahi müdahale olması nedeniyle gerekli tıbbi şartların sağlandığı ortamlarda uzman doktorlar tarafından yapılması gereken bir işlemdir.